ПАО «НМТП» имеет лицензию на осуществление деятельности по сбору, транспортированию и обезвреживанию отходов I-IV класса опасности. Также, вывоз отходов производства и потребления осуществляется подрядными организациями, имеющими лицензию на деятельность по обращению с отходами.
На всех объектах ПАО «НМТП» организован раздельный сбор отходов I–V классов опасности.